Säätiön palveluksessa ei ole omaa henkilökuntaa, ja siksi Suomen Syöpäyhdistyksen henkilökunta huolehtii säätiön tehtävien hoitamisesta. Säätiön pääsihteerinä on toiminut LT, dosentti Sakari Karjalainen. Säätiölle siirrettiin hallinnon palkka- ja henkilöstö- ja niihin liittyviä muita kuluja 470 865 euroa (vuonna 2015 summa oli 437 510 euroa). Hallinto vastaa Syöpäsäätiön apurahojen haun, hakemusten arvioinnin ja seurannan järjestämisestä. Säätiöltä laskutettiin työvaliokunnan vahvistaman laskentaperusteen mukaisesti osuus pääsihteerin, talous- ja hallintojohtajan, talouden (kolme henkilöä) ja hallinnon (kolme henkilöä) työpanoksesta, pieni osuus ylilääkärin ja viestintäjohtajan työtä sekä vuonna 2016 verkkosivujen uudistamiseen liittyviä työkuluja. Tietohallinto Suomen Syöpäyhdistyksen tietohallinto vastaa osittain Syöpäsäätiön tietojärjestelmäpalveluista. Rubic Oy koordinoi ostopalveluna asiakkuudenhallintajärjestelmään liittyviä hankintoja ja kehitysprojekteja sekä toimi asiakkuusjärjestelmähankkeessa projektipäällikkönä. Apurahahallinnossa käytetään Datalink Oy:n tuottamaa apurahojen hallinnointi- ja maksatusjärjestelmää. Syöpäsäätiö päätti joulukuussa tehdä sopimuksen englantilaisen Researchfish©-palvelun hankinnasta. Palvelulla kerätään tietoa Syöpäsäätiön rahoittamien hankkeiden tuloksista ja vaikutuksista. Jäsenyydet Syöpäsäätiö on jäsen Vastuullinen Lahjoittaminen ry:ssä. Syöpäsäätiö on jäsen myös Säätiöiden ja rahastojen neuvottelukunnassa, joka on tärkeä vaikuttaja muun muassa säätiölain uudistuksessa. Yhteistyösopimus Syöpäsäätiöllä on ollut vuodesta 2012 lähtien kumppanuus liikejuridiikkaan keskittyneen asianajotoimisto Roschierin kanssa. Roschier lahjoittaa osaamistaan Syöpäsäätiön käyttöön yhteensä noin 20 tuntia kuukaudessa. Toimiston avulla työstettiin muun muassa sopimuksiin ja tavaramerkkeihin liittyviä asioita.
