Säätiön palveluksessa ei ole omaa henkilökuntaa, ja siksi Suomen Syöpäyhdistyksen henkilökunta huolehtii säätiön tehtävien hoitamisesta. Säätiön pääsihteerinä on toiminut LT, dosentti Sakari Karjalainen. Säätiölle siirrettiin hallinnon palkka- ja henkilöstö- ja niihin liittyviä muita kuluja 507 000 euroa (vuonna 2017 summa oli 470 855 euroa).

Hallinto vastaa Syöpäsäätiön apurahojen haun, hakemusten arvioinnin ja seurannan järjestämisestä.

Säätiöltä laskutettiin työvaliokunnan vahvistaman laskentaperusteen mukaisesti osuus pääsihteerin, talous- ja hallintojohtajan, talouden (kolme henkilöä) ja hallinnon (kolme henkilöä) työpanoksesta sekä pieni osuus ylilääkärin ja viestintäjohtajan työtä.

Tietohallinto

Suomen Syöpäyhdistyksen tietohallinto vastaa osittain Syöpäsäätiön tietojärjestelmäpalveluista. Varainhankinnan asiakkuudenhallintajärjestelmänä käytetään Clara-ohjelmaa. Apurahahallinnossa on käytössä Datalink Oy:n tuottamaa apurahojen hallinnointi- ja maksatusjärjestelmää. Syöpäsäätiöllä on vuonna 2016 tehty sopimus englantilaisen Researchfish©-palvelun käytöstä. Palvelulla kerätään tietoa Syöpäsäätiön rahoittamien hankkeiden tuloksista ja vaikutuksista.

Jäsenyydet ja verkostot

Syöpäsäätiö on jäsen Vastuullinen Lahjoittaminen ry:ssä, joka on tärkeä vaikuttaja varainhankinnan toimintaympäristön muutoshankkeissa. Säätiö on myös jäsen Säätiöiden ja rahastojen neuvottelukunnassa, joka on tärkeä vaikuttaja muun muassa säätiölain seurannassa erityisesti apurahasäätiöiden näkökulmasta. Syöpäsäätiö oli yksi lääketieteellistä tutkimusta tukevien säätiöiden yhteistyöverkoston perustajia. Verkosto käynnisti vuoden 2018 lopussa selvityksen lääketieteellisen tutkimuksen rahoituksen ja toimintaympäristön tilasta Suomessa.

Yhteistyösopimus

Syöpäsäätiöllä on ollut vuodesta 2012 lähtien kumppanuus liikejuridiikkaan keskittyneen asianajotoimisto Roschierin kanssa. Roschier lahjoittaa osaamistaan Syöpäsäätiön käyttöön yhteensä noin 20 tuntia kuukaudessa. Toimiston avulla työstettiin muun muassa sopimuksiin ja tavaramerkkeihin liittyviä asioita.